과민성 대장 증후군은 대장의 기능 장애로 생긴다. 즉 보통보다 장 근육 수축이 빠르게 되면 변이 물러지고, 근 수축이 느려지면 변비가 생긴다. 또한 때때로 장 근육 수축이 갑자기 너무 강하게 되는 경우 장의 경련성 통증을 경험하게 되기도 한다. 이러한 대장에 있는 근육의 수축이 비정상적으로 빠르거나 느려져 증상들이 발생하므로 과민성 대장 증후군은 '기능성 대장 질환'이라고도 일컫기도 한다.
불안정한 감정 상태나 스트레스가 직접적인 과민성 대장 증후군의 원인은 아니다. 하지만 증세에 영향을 미치고, 그에 대한 환자의 반응에 영향을 미친다. 과로를 하거나, 배우자와 다투는 등의 스트레스가 모든 사람의 장에 영향을 미칠 수 있으나, 스트레스의 영향은 과민성 대장 증후군 환자에서 더 심하게 나타나게 된다.
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