대장조영술이나 대장내시경 모두 검사를 하기 전에 대장을 깨끗이 비워야 하는 것은 마찬가지이다. 그러나 대장조영술은 항문을 통해 바륨이라는 흰색 액체를 집어넣은 후 겉에서 엑스레이를 찍는 반면에 대장내시경은 대장 안을 들여다 볼 수 있는 기다란 관, 즉 내시경을 집어넣고 직접 내부를 관찰한다는 점에서 차이가 있다.
두 가지 검사법은 각각 장단점이 있으므로 어느 검사법이 절대적으로 더 좋다고 말하기는 어렵다. 예를 들어 아주 작은 병변을 찾아내는 것은 대장내시경이 약간 더 우월하다고 할 수 있지만, 대장내시경은 복부 수술 또는 골반 수술을 받은 적이 있거나, 아주 나이가 많거나, 또는 심한 변비가 있는 사람에서는 검사가 제대로 되지 않고 고통만 받는 수가 종종 있다. 따라서 어떤 검사법을 선택할 지는 의사와 상의하여 자신에게 적합한 검사법을 선택해야 한다.
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